2. Persebaran agama Protestan masapendudukan Belanda dan Inggris
Pada masa pendudukan Belanda agama yang berkembang yaitu Kristen Protestan yang beraliran Calvinis. Kegiatan penyebaran agama Kristen Protestan dilakukan oleh zending diantaranya Dr. Nomensen, Sebastian Danckaerts dan Hernius. Memasuki abad ke-19, penyebaran agama Kristiani semakin meluas ke berbagai wilayah di Indonesia.
Pada masa pendudukan Inggris, kelompok rohaniwan yang terhimpun dalam (Nederlandsche Zendeling Genootschap) dari Belanda, didukung oleh kelompok (London Missionary Society), memulai aktivitas keagamaan yang ditujukan kepada penduduk lokal. Oleh sebab itu banyak berdiri organisasi misi dan zending diantaranya:
a. Ordo Herlege Hart (Hati Suci) bertanggung jawab penuh atas wilayah Papua.
b. Societeit van het Goddelijk Woord (Serikat Sabda Allah) bertanggung jawab di kawasan Flores dan Timor.
c. Kelompok Kapusin bertanggung jawab di kawasan Sumatra dan Kalimantan.
3. Persebaran agama Islam dan agama lain masa kolonial
Pada masa kolonial, zending dan missionaris Kristiani harus memiliki izin khusus dari Gubernur Jenderal untuk melakukan kegiatan dakwah. Dan daerah yang diizinkan untuk dakwah yaitu daerah selain Banten, Aceh, Sumatra Barat dan Bali. Sehingga pada masa itu agama Islam berkembang di daerah Banten, Aceh dan Sumatra Barat sedang agama Hindu dan Budha berkembang di wilayah Bali