Pemilihan Umum I yang telah dilaksanakan belum membawa perubahan menuju kesejahteraan rakyat Indonesia. Banyak daerah-daerah yang merasa dirugikan oleh kebijakan yang dikeluarkan oleh pemerintah pusat. Oleh karena itu banyak daerah-daerah yang melakukan pemberontakan-pemberontakan diantaranya
A. Pemberontakan PKI tahun 1948
Pemberontakan ini terjadi pada tanggal 18 September 1948 di mana tokohnya yaitu Muso, Amir Syarifuddin, Kolonel Djoko Suyono, Kol. Muh. Dahlan. Pemberontakan ini ditumpas dengan Gerakan Operasi Militer pada tanggal 30 September 1948.
B. Pemberontakan DI/TII
DI/TII didirikan oleh Sekarmadji Maridjan Kartosuwirjo pada 7 Agustus 1949 di desa Kabupaten Tasikmalaya (Jawa Barat). Pemberontakan ini dapat ditumpas dengan Operasi Pagar Betis dan Operasi Bharatayudha, sehingga Kartosuwiryo dapat ditangkap di Gunung Geber (Majalaya) Jawa Barat. Berikut pemberontakan DI/TII di berbagai daerah: di Kalimantan Selatan (Ibnu Hajar), di Jawa Tengah (Amir Fatah), di Sulawesi Selatan (Kahar Muzakar), di Aceh (Daud Beureuh).
C. Pemberontakan Angkatan Perang Ratu Adil (APRA)
Pemberontakan ini terjadi pada tanggal 23 Januari 1950 di Bandung yang dipimpin oleh Raymond Westerling seorang kapten Belanda. Aksi yang dilakukan oleh APRA sangat kejam akan tetapi TNI tidak dapat bertindak karena serangan APRA dilakukan secara mendadak, kesatuan Siliwangi baru saja memasuki Kota Bandung, Panglima Divisi Siliwangi, Kolonel Sadikin sedang mengadakan peninjauan ke Subang bersama Gubernur Sewaka.
Untuk mengatasi pemberontakan ini pemerintah melakukan berbagai usaha diantaranya melancarkan operasi militer pada tanggal 24 Januari 1950, mengadakan diadakan perundingan antara Drs. Moh. Hatta dengan Komisaris Tinggi Belanda Mayor Engels untuk mendesak Westerling dan pasukan APRA meninggalkan kota Bandung serta melakukan penangkapan terhadap Westerling dan Sultan Hamid II. Akan tetapi Westerling dapat melarikan diri.
D. Pemberontakan Andi Aziz
Pemberontakan ini terjadi pada tanggal 5 April 1950 di Makassar yang dipimpin oleh Kapten Andi Azis, seorang Komandan Kompi APRIS bekas KNIL. Aksi yang dilakukan dari pemberontak ini diantaranya menduduki obyek-obyek penting seperti lapangan terbang dan kantor Telkom serta menawan pejabat Panglima Tentara dan Teritorium Indonesia Timur, Letkol A.Y. Mokoginta.
Untuk mengatasi pemberontakan ini pemerintah mengirim pasukan yang dipimpin Mayor Worang dan pasukan di bawah Kolonel A.E. Kawilarang pada tanggal 26 April 1950. Tidak berapa lama, Andi Aziz menyerahkan diri.
E. Pemberontakan Republik Maluku Selatan (RMS)
Pemberontakan ini terjadi pada tanggal 25 April 1950 yang dipimpin oleh Mr. Dr. Christian Robert Steven Soumokil, bekas Jaksa Agung NIT. Untuk mengatasi pemberontakan ini pemerintah mengirim pasukan yang dipimpin oleh Kol. Alex Kawilarang. Pada tanggal 14 Juli 1950, Pasukan Ekspedisi ini dapat mendarat di Laha, Pulau Buru. Pada bulan November 1950, Kota Ambon dapat dikuasai walaupun dengan korban yang cukup besar. Usaha dilanjutkan dengan merebut Benteng Nieuw Victoria, namun Letkol. Slamet Riyadi gugur. Pada tahun 1951, tokoh RMS yang bernama Manuwutu menyerah. Akhirnya Dr. Soumokil tertangkap dan diadili pada tanggal 21 April 1964 dan dijatuhi hukuman mati.
F. Pemberontakan Pemerintah Revolusioner Republik Indonesia (PRRI)
Pemberontakan ini terjadi setelah terbentuknya dewan di daerah-daerah yaitu Dewan Banteng (Padang) Sumatra Barat dipimpin oleh Letkol. Achmad Husein, Dewan Gajah (Sumatra Utara) dipimpin oleh Kol. M. Simbolon, Dewan Garuda (Sumatra Selatan), dipimpin oleh Letkol. Barlian, Dewan Manguni (Sulawesi Selatan), dipimpin oleh Letkol. Ventje Samual.
Untuk mengatasi pemberontakan ini pemerintah melakukan berbagai operasi diantaranya Operasi Tegas dipimpin oleh Letkol. Kaharudin Nasution, Operasi 17 Agustus dipimpin oleh Kolonel Ahmad Yani, Operasi Sapta Marga dipimpin oleh Brigjen Jatikusumo, Operasi Sadar dipimpin oleh Letkol. Dr. Ibnu Sutowo. Akhirnya pimpinan PRRI menyerah satu per satu. Pada tanggal tanggal 29 Mei 1961, Achmad Hussein menyerah dan melaporkan diri beserta pasukannya. Hal ini diikuti oleh pemimpin yang lain. Dengan demikian pemberontakan PRRI dapat dipadamkan.
G. Pemberontakan Piagam Perjuangan Rakyat Semesta (Permesta)
Pemberontakan ini dipimpin oleh Letkol. Ventje Sumual Di Sulawesi Utara dan Sulawesi Tengah. Usaha pemerintah dalam menumpas pemberontakan ini yaitu dengan melakukan berbagai operasi militer diantaranya Komando Operasi Merdeka yang dipimpin oleh Letkol Rukminto Hendraningrat,
Operasi Saptamarga I dipimpin Letkol Sumarsono, menumpas Permesta di Sulawesi Utara bagian Tengah, Operasi Saptamarga II dipimpin Letkol Agus Prasmono dengan sasaran Sulawesi Utara bagian Selatan, Operasi Saptamarga III dipimpin Letkol Magenda dengan sasaran kepulauan sebelah Utara Manado, Operasi Saptamarga IV dipimpin Letkol Rukminto Hendraningrat, menumpas Permesta di Sulawesi Utara, Operasi Mena I dipimpin Letkol. Pieters dengan sasaran Jailolo, Operasi Mena II dipimpin Letkol. KKO Hunhols dengan sasaran merebut lapangan udara Morotai di sebelah utara Halmahera.
