Raja pertama dari kerajaan ini adalah Saiyid Abdul Aziz yang bergelar Sultan Alaidin Saiyid Maulana Abdul Aziz Shah (840-964). Kerajaan ini mengalami masa jaya pada masa pemerintahan Sultan Makhdum Alaidin Malik Muhammad Amin Syah II Johan Berdaulat (1225-1263). Sultan Makhdum Alaidin Malik Muhammad Amin Syah II Johan Berdaulat mengawinkan putrinya yang bernama Putri Ganggang Sari (Putri Raihani) dengan Sultan Malikul Saleh dari Samudra Pasai serta Putri Ratna Kumala dengan Raja Tumasik (Singapura) yakni Iskandar Syah yang kemudian bergelar Sultan Muhammad Syah.
Raja terakhir Kerajaan Perlak adalah Sultan Makhdum Alaidin Malik Abdul Aziz Syah Johan Berdaulat (1263-1292). Setelah beliau wafat, Kerajaan Perlak disatukan dengan Kerajaan Samudra Pasai oleh Muhammad Malikul Dhahir putra Sultan Malikul Saleh dengan Putri Ganggang Sari.
Keberadaan Kerajaan Perlak ini dibuktikan dengan adanya penemuan mata uang Perlak, yang terbuat dari emas (dirham), dari perak (kupang) dan dari tembaga atau kuningan.
2. Kerajaan Samudera Pasai
Kerajaan Samudera Pasai didirikan abad ke-13 oleh Sultan Malik As Saleh yang terletak di sebelah utara Perlak, Lhok Seumawe (sekarang pantai timur Aceh), berbatasan langsung dengan Selat Malaka. Setelah Sultan Malik As Saleh wafat tahun 1297, beliau digantikan putra-putranya, yaitu: Sultan Muhammad (Sultan Malik al Tahir I) tahun 1297-1326; Sultan Ahmad (Sultan Malik al Zahir) tahun 1326-1348; Sultan Zainal Abidin tahun 1348.
Bukti keberadaan kerajaan ini yaitu adanya catatan Ibnu Battuta (Maroko) tahun 1345, yang mencatat bahwa Kerajaan Samudra Pasai merupakan kerajaan dagang yang makmur. Banyak pedagang dari Jawa, Cina, dan India yang datang ke sana. Hal ini mengingat letak Samudera Pasai yang strategis di Selat Malaka. Mata uangnya uang emas yang disebut deureuham (dirham).
3. Kerajaan Aceh
Kerajaan Aceh semula merupakan wilayah Kerajaan Pedir. Kerajaan Aceh berkembang setelah Kerajaan Samudra Pasai mengalami kemunduran dan Malaka dikuasai oleh Portugis. Atas usaha Sultan Ali Mughayat Syah, Aceh melepaskan diri dari Kerajaan Pedir. Setelah berkuasa pusat pemerintahannya dipindah ke Kutaraja (Banda Aceh).
Raja-raja yang pernah memerintah Kerajaan Aceh antara lain: Sultan Ali Mughayat Syah (1513-1528). Kemudian diganti oleh Sultan Alaudin Riayat Syah (1537-1568). Pada masa pemerintahannya, pernah melakukan penyerangan terhadap Portugis. Kerajaan Aceh mengalami kemajuan pada saat pemerintahan Sultan Iskandar Muda (1607-1636).
Pada masa pemerintahan Sultan Iskandar Muda, hidup ulama besar yaitu Hamzah Fansuri, Syamsuddin As Sumtrani, Nuruddin Ar Raniri, dan Abdurrauf. Keempat ulama ini sangat berpengaruh bukan hanya di Aceh tetapi juga sampai ke Jawa. Pada masa pemerintahannya, Sultan Iskandar Muda menciptakan buku Undang-undang Hukum Mahkota Alam.
Setelah wafat, Sultan Iskandar Muda digantikan Sultan Iskandar Thani (1636-1641). Setelah Sultan Iskandar Thani wafat, Kerajaan Aceh mengalami kemunduran. Hal ini disebabkan karena tidak ada pemimpin yang mampu mengendalikan Aceh sepeninggal beliau. Selain itu, banyak daerah yang dikuasai Aceh melepaskan diri dan terjadinya pertikaian yang terus-menerus.
4. Kerajaan Demak
Kerajaan Demak merupakan kerajaan Islam pertama di Pulau Jawa yang didirikan oleh Raden Patah atas bantuan para wali. Raden Patah berkuasa pada tahun 1500-1518 yang bergelar Sultan Alam Akhbar al Fatah. Raden Patah putra dari Raja Brawijaya V, raja Majapahit yang dalam beberapa sumber sejarah disebutkan kemungkinan telah masuk Islam. Demak cepat berkembang sebagai kerajaan besar karena letaknya yang strategis (di daerah pantai), sehingga mudah berhubungan dengan dunia luar. Selain itu, Demak mempunyai beberapa pelabuhan seperti Jepara, Tuban, dan Gresik.
Pada masa pemerintahan Raden Patah tepatnya tahun 1513, Demak melakukan penyerangan terhadap Portugis di Malaka (ekspedisi militer I) di bawah pimpinan menantunya seorang keturunan Persia yang bernama Abdul Qadir bin Muhammad Yunus. Yang karena menjadi Adipati Jepara diberi gelar Adipati bin Yunus kemudian masyarakat biasa memanggilnya Pati Unus.
Raja yang memerintah Kerajaan Demak setelah Raden Patah antara lain:
a. Pati Unus
Setelah wafat, Raden Patah digantikan oleh Pati Unus, sesuai dengan wasiat yang diberikan oleh Raden Patah. Pati Unus berkuasa menggantikan mertuanya hanya tiga tahun yaitu tahun 1518-1521, karena ia meninggal dalam memimpin ekspedisi militer II untuk menyerang Portugis, walaupun ia sudah diangkat menjadi sultan Demak. Pati Unus dikenal sebagai Pangeran Sabrang Lor, karena jasanya yang melakukan penyerangan terhadap Portugis di Malaka walau penyerangan tersebut mengalami kegagalan tetapi menimbulkan korban jiwa yang sangat besar dari pihak Portugis. Setelah Pati Unus wafat, terjadi perebutan kekuasaan antara Raden Kikin dan Pangeran Trenggana (keduanya putra dari Raden Patah), yang berujung dengan dibunuhnya Raden Kikin oleh Raden Mukmin di pinggir sungai sehingga beliau dijuluki Pangeran Sekar Sedo ing Lepen (Pati Unus sebenarnya mempunyai 3 anak tetapi 2 diantaranya gugur dalam penyerangan ke Malaka dan seorang lagi tidak kembali ke Demak, karena terjadi perebutan tahta di Demak dan menjadi penasehat Kesultanan Banten).
b. Sultan Trenggana
Sultan Trenggana berkuasa dari tahun 1521-1546. Pada masa pemerintahannya, ia memerintahkan Panglima perangnya yang bernama Fatahillah guna mengusir Portugis dari Sunda Kelapa, Banten dan Cirebon pada tahun 1522. Atas prakarsa Fatahillah, nama Sunda Kelapa diubah menjadi Jayakarta (Jakarta). Sultan Trenggana wafat pada saat penyerangan ke Pasuruan pada tahun 1546.
Sepeninggalnya, di kerajaan Demak terjadi perebutan kekuasaan lagi. Perselisihan itu timbul antara Arya Penangsang (putra Raden Kikin) dan sultan Demak, Raden Mukmin yang bergelar Sunan Prawoto (putra Sultan Trenggana). Perselisihan itu mengakibatkan Sunan Prawoto dibunuh oleh Rangkut orang suruhan dari Arya Penangsang (anak Pangeran Sekar Sedo ing Lepen). Setelah naik tahta, kembali terjadi perebutan kekuasaan sehingga Arya Penangsang meninggal dalam perang dengan pasukan Jaka Tingkir, Adipati Pajang, (menantu Sultan Trenggana) pada tahun 1568. Jaka Tingkir menjadi raja tahun 1549-1587, yang bergelar Sultan Hadiwijaya. Kemudian Sultan Hadiwijaya memindahkan pusat pemerintahan dari Demak ke Pajang.
5. Kerajaan Pajang
Jaka Tingkir yang bergelar Sultan Hadiwijaya setelah naik tahta tidak serta merta melupakan para pembantunya yang telah berjasa dalam membantu mengalahkan Arya Penangsang. Misalnya Ki Ageng Pemanahan dihadiahi tanah di Mataram (Yogyakarta), setelah wafat kedudukannya digantikan anaknya yaitu Sutawijaya. Ki Penjawi dihadiahi wilayah di daerah Pati. Bupati Surabaya diangkat sebagai wakil raja dengan daerah kekuasaan Sedayu, Gresik, Surabaya, dan Panarukan.
Sultan Hadiwijaya wafat pada tahun 1582, dan kedudukannya digantikan putranya yakni Pangeran Benawa. Saat Pangeran Benawa berkuasa, putra Sunan Prawoto yakni Arya Pangiri melakukan pemberontakan. Akan tetapi pemberontakan itu dapat dipadamkan Pangeran Benawa dengan bantuan Sutawijaya. Saat berkuasa Pangeran Benawa tidak dapat menggantikan kedudukan ayahnya dengan baik sebagai raja. Oleh karena itu Pangeran Benawa menyerahkan tahtanya kepada Sutawijaya yang pada waktu itu menjabat sebagai Adipati Mataram. Setelah menjabat sebagai raja, pada tahun 1586 Sutawijaya memindahkan Kerajaan Pajang ke Mataram.
6. Kerajaan Mataram Islam
Setelah Kerajaan Pajang dipindah ke Mataram oleh Sutawijaya, maka Mataram menjadi kerajaan sendiri. Sutawijaya menjadi raja tahun 1586-1601 yang bergelar Panembahan Senopati Ing Alaga Sayidin Panatagama. Pada masa pemerintahannya banyak terjadi pemberontakan, seperti pemberontakan Bupati Madiun, Ponorogo, Demak, Surabaya, Kediri yang ingin memisahkan diri. Hal ini disebabkan Senopati telah mengangkat dirinya sebagai Raja Mataram. Padahal, pengangkatan dan pengesahan sebagai raja di wilayah Jawa biasanya dilakukan oleh wali.
Setelah Panembahan Senopati wafat, kedudukannya digantikan oleh putranya yaitu Mas Jolang (1601-1613) yang bergelar Sultan Anyakrawati. Pada masa pemerintahannya terjadi pemberontakan, seperti pemberontakan Pangeran Puger (Demak) tahun 1602-1605 dan Pengeran Jayaraga (Ponorogo) tahun 1608. Sultan Anyakrawati wafat dalam pertempuran di daerah Krapyak, sehingga sering dikenal dengan sebutan Pangeran Sedo Ing Krapyak.
Kedudukan Mas Jolang digantikan oleh Mas Rangsang (1613-1645) yang bergelar Sultan Agung Senopati ing Alogo Ngabdurracham Kalifatullah. Pada masa pemerintahannya Mataram mengalami zaman keemasan. Kemajuan dibidang sosial budaya yaitu: lahirnya Undang-Undang Surya Alam, Penanggalan Jawa (perpaduan antara Tarikh Saka dan Tarikh Hijriyah), dan beberapa buku karya sastra gending. Sultan Agung pernah melakukan penyerang terhadap VOC di Batavia pada tahun 1628 dan 1629, akan tetapi penyerangan tersebut mengalami kegagalan. Sultan Agung dalam menjalankan sistem pemerintahannya membagi dalam:
1. Kutanegara, daerah pusat keraton. Pelaksanaan pemerintahan dipegang oleh Patih Lebet (Patih Dalam) yang dibantu Wedana Lebet (Wedana Dalam).
2. Negara Agung, daerah sekitar Kutanegara. Pelaksanaan pemerintahan dipegang Patih Jawi (Patih Luar) yang dibantu Wedana Jawi (Wedana Luar).
3. Mancanegara, daerah di luar negara Agung. Pelaksanaan pemerintahan dipegang oleh para Bupati.
4. Pesisir, daerah pesisir. Pelaksanaan pemerintahan dipegang oleh para Bupati atau Syahbandar.
Setelah Sultan Agung wafat kedudukannya digantikan Amangkurat I (1645-1677). Pada masa pemerintahannya terjadi pemberontakan yang dilakukan Trunojoyo dari Madura, hal ini disebabkan Amangkurat I menjalin hubungan dengan Belanda. Dan pemberontakan itu dapat dipadamkan karena bantuan Belanda.
Setelah Amangkurat I wafat, kedudukannya digantikan Amangkurat II (1677-1703). Pada masa pemerintahannya itu wilayah Mataram semakin sempit, karena diambil oleh Belanda. Sehingga raja-raja yang berkuasa setelah Amangkurat II tidak mampu menahan pengaruh Belanda yang semakin kuat. Pada tahun 1755, diadakan Perjanjian Giyanti yang mengakibatkan Mataram terpecah menjadi dua yaitu:
1. Ngayogyakarta Hadiningrat yang berpusat di Yogyakarta dengan Raja Mangkubumi yang bergelar Hamengku Buwono I.
2. Kesuhunan Surakarta yang berpusat di Surakarta dengan Raja Susuhunan Pakubuwono III.
7. Kerajaan Cirebon
Dalam salah satu sumber sejarah peletak dasar-dasar Kerajaan Cirebon adalah Syarif Hidayatullah atau yang lebih dikenal dengan Sunan Gunung Jati. Kemudian setelah beliau wafat kekuasaan Cirebon diserahkan kepada menantunya yang bernama Fadhulah Khan (dalam aksen Portugis menjadi Faletehan) yang mana setelah berhasil merebut Sunda Kelapa dari Portugis diberi gelar Fatahillah yang berarti Kemenangan Allah. Fatahillah sebelumnya adalah abdi dari Kerajaan Demak. Beliau diberi tugas oleh Sultan Trenggana di Sunda Kelapa, Banten dan Cirebon untuk mengusir Portugis dari wilayah tersebut.
Tahun 1679, Cirebon terpaksa dibagi dua yaitu Kasepuhan dan Kanoman. Waktu itu VOC sudah bercokol kuat di Batavia. Dengan politik Devide at Impera, Kesultanan Kanoman di bagi dua, yakni Kasultanan Kanoman dan Kacirebonan. Dengan demikian kekuasaan Cirebon terbagi menjadi 3, yakni Kasepuhan, Kanoman, dan Kacirebonan.
8. Kerajaan Banten
Semenjak menjadi kerajaan merdeka yang terlepas dari Kerajaan Demak, Kerajaan Banten mengalami kemajuan yang pesat begitu juga dengan agama Islam. Raja pertama Kerajaan Banten yaitu Sultan Hasanuddin (1552-1570), putra tertua dari Fatahillah.
Adapun raja-raja yang pernah memerintah Kerajaan Banten setelah Sultan Hasanudin yaitu Panembahan Yusuf (1570-1580); Maulana Muhammad (1580-1596); Abu Mufakhir (1596-1640); Abu Mu’ali Ahmad Rahmatullah (1640-1651); Sultan Ageng Tirtayasa (1651-1682).
Kerajaan Banten mencapai masa kejayaan di bawah pemerintahan Sultan Ageng Tirtayasa. Pada masa pemerintahannya, terjadi penyerangan terhadap VOC sebanyak tiga kali. Dengan siasat Devide at Impera, Sultan Ageng Tirtayasa diadu domba dengan putranya sendiri yaitu Sultan Haji. Akhirnya Sultan Ageng Tirtayasa dapat ditangkap dan diasingkan hingga wafat. Penggantinya, Sultan Haji memiliki kedekatan yang dekat dengan VOC, sehingga VOC dapat menguasai Banten.
9. Kerajaan Makassar
Kerajaan Makassar merupakan kerajaan gabungan antara Kerajaan Gowa dan Tallo dengan ibukotanya di Sombaopu. Raja Gowa, Daeng Manrabia menjadi Raja Makassar pertama yang bergelar Sultan Alauddin, sementara Raja Tallo, Kraeng Mantoaya menjadi Perdana Menteri yang bergelar Sultan Abdullah. Pada masa pemerintahan Sultan Alauddin, agama Islam masuk dan berkembang di Makassar. Pengganti Sultan Alauddin ialah Sultan Muhammad Said (1639-1653). Kemudian Sultan Muhammad Said diganti putranya bernama Sultan Hasanuddin (1653-1669) yang dijuluki Ayam Jantan dari Timur.
Kerajaan Makassar mencapai puncak kejayaan pada masa pemerintahan Sultan Hasanuddin. Kerajaan Makassar memiliki pelaut-pelaut yang tangguh terutama dari daerah Bugis. Mereka inilah yang memperkuat barisan pertahanan laut Makassar. Karena memiliki pelaut-pelaut yang tangguh dan terletak di pintu masuk jalur perdagangan Indonesia Timur, disusunlah Ade'Allapialing Bicarana Pabbalri'e, sebuah tata hukum niaga dan perniagaan dari sebuah naskah lontar yang ditulis oleh Amanna Gappa.
Karena ketakutan Belanda, maka Belanda menyerang Kerajaan Makassar dengan bantuan Raja Bone yaitu Aru Palaka. Dan akhirnya pada tahun 1667, Belanda dapat memaksa Sultan Hasanuddin untuk menandatangani Perjanjian Bongaya. Isi dari Perjanjian Bongaya yaitu: Belanda memperoleh monopoli dagang rempah-rempah di Makassar; Belanda mendirikan benteng pertahanan di Makassar; Makassar harus melepaskan daerah kekuasaannya berupa daerah di luar Makassar; Aru Palaka diakui sebagai Raja Bone. Kemudian Sultan Hasanuddin diganti oleh Mapasomba. Tetapi Mapasomba berkuasa tidak terlalu lama karena adanya pengaruh Belanda yang besar. Akhirnya seluruh Sulawasi Selatan dapat dikuasai Belanda.
10. Kerajaan Ternate
Kerajaan Ternate terletak di Maluku Utara dengan ibukota di Sampalu. Raja pertama Kerajaan Ternate adalah Gapi Buta dan setelah masuk Islam berganti nama menjadi Zainal Abidin yang berkuasa dari 1486-1500. Setelah wafat kedudukannya digantikan oleh Sultan Marhum. Kerajaan Ternate dapat berkembang pesat karena hasil buminya yang berupa rempah-rempah terutama cengkeh. Kerajaan Ternate mencapai kejayaan pada masa pemerintahan Sultan Baabullah (1570-1583) di mana kekuasaannya mencapai Filipina.
11. Kerajaan Tidore
Kerajaan Tidore terletak di sebelah selatan Kerajaan Ternate. Kerajaan Tidore dan Ternate semula hidup rukun dan damai. Akan tetapi, ketika Portugis dan Spanyol mulai datang ke Maluku, Ternate dan Tidore saling bermusuhan karena diadu domba oleh Portugis. Namun akhirnya kedua kerajaan tersebut bersatu mengusir Portugis. Raja Tidore yang terkenal adalah Sultan Nuku.
Ketika kerajaan Ternate dan Tidore saling bermusuhan, muncul dua persekutuan dagang yakni Uli Lima dipimpin oleh Ternate dengan anggota Ambon, Bacan, Obi, dan Seram. Dan Uli Siwa dipimpin oleh Tidore dengan anggota Makean, Halmahera, Kai, dan pulau-pulau lain hingga ke Papua bagian barat.
12. Kerajaan Banjar
Atas bantuan dari Kerajaan Demak, Pangeran Tumenggung Samudra dapat menjadi Raja Banjar. Setelah masuk Islam, Pangeran Tumenggung Samudra berganti nama menjadi Sultan Suryanullah. Selain Sultan Suryanullah, tokoh yang berperan mengembangkan Islam di wilayah ini diantaranya Datuk Ri Bandang, Tuan Tunggang Parangan, dan Aji di Langgar. Kerajaan Banjar mencapai masa kejayaan pada masa pemerintahan Pangeran Antasari yang sangat anti terhadap penjajahan Belanda.
B. Peninggalan-peninggalan sejarah bercorak Islam
1. Masjid
Beberapa hal yang menarik dan menjadi corak khas bangunan masjid-masjid kuno di Indonesia adalah sebagai berikut:
a. Sebagian besar atap masjid beratap tumpang (atap yang tersusun semakin ke atas semakin kecil, dan yang paling atas berbentuk limas).
b. Letak masjid tepat di tengah-tengah kota atau dekat dengan istana dan di kiri atau kanan masjid terdapat menara sebagai tempat menyerukan panggilan salat (azan).
c. Di sekitar masjid (kecuali bagian barat) biasanya terdapat tanah lapang (alun-alun).
Ada pun contoh peninggalan masjid masa kerajaan Islam diantaranya adalah Masjid Kudus, Masjid Demak dan Masjid Banten.
2. Keraton
Keraton merupakan tempat raja beserta keluarganya tinggal. Keraton dibangun sebagai lambang pusat kekuasaan pemerintahan. Bangunan keraton biasanya dikelilingi pagar tembok, parit, atau sungai kecil buatan. Contoh Keraton Samudera Pasai, Banten, Cirebon, dan Mataram.
Keraton dengan corak Islam diantaranya Keraton Kesultanan Aceh, Demak, Kasepuhan dan Kanoman di Cirebon, Banten, Yogyakarta, Surakarta, dan sebagainya.
3. Nisan
Nisan adalah tonggak pendek yang ditanam di atas gundukan tanah yang berfungsi sebagai tanda makam seseorang yang sudah meninggal dunia. Selain itu nisan juga berisi tentang keterangan-keterangan atau identitas dan biodata seseorang yang dimakamkan di tempat itu.
4. Karya sastra dari ulama
Peninggalan karya sastra bercorak Islam di Indonesia dapat dibagi ke dalam empat kelompok yaitu:
a. Hikayat, yaitu karya sastra berupa cerita atau dongeng yang menceritakan tentang kehidupan manusia. Contoh: Hikayat Amir Hamzah, Hikayat Hang Tuah, Hikayat Jauhar Manikam, dan sebagainya.
b. Babad, yaitu cerita sejarah tetapi banyak bercampur dengan mitos dan kepercayaan masyarakat yang kadang tidak masuk akal. Contoh: Babad Tanah Jawi, Babad Caruban, Babad Giyanti dan sebagainya.
c. Syair, yaitu puisi lama yang tiap-tiap baitnya terdiri dari empat baris yang berakhir dengan bunyi yang sama. Contoh: Syair Perahu, Syair Si Burung Pingai, Syair Abdul Muluk, dan sebagainya.
d. Suluk, yaitu kitab-kitab yang membentangkan soal-soal tasawuf. Kitab Suluk merupakan karya sastra tertua peninggalan kerajaan Islam di nusantara. Contoh: Suluk Wijil, Suluk Malang Sumirang, Suluk Sukarsa dan sebagainya.
5. Kaligrafi
Kaligrafi adalah seni menulis indah dengan merangkaikan huruf-huruf Arab, baik berupa ayat-ayat suci Al Qur'an ataupun kata-kata mutiara. Seni kaligrafi biasanya dituangkan pada masjid atau makam. Letak bagian masjid yang mendapat ukir-ukiran umumnya hanya pada bagian mimbar.