Operasi Trikora (Tri Komando Rakyat) adalah konflik 2 tahun yang dilancarkan Indonesia untuk menggabungkan wilayah Papua bagian barat. Pada tanggal 19 Desember 1961, Soekarno (Presiden Indonesia) mengumumkan pelaksanaan Trikora di Alun-alun Utara Yogyakarta. Soekarno juga membentuk Komando Mandala. Mayor Jenderal Soeharto diangkat sebagai panglima. Tugas komando ini adalah merencanakan, mempersiapkan, dan menyelenggarakan operasi militer untuk menggabungkan Papua bagian barat dengan Indonesia.
A. Isi Trikora
1) Gagalkan pembentukan negara boneka Negara Papua buatan Belanda kolonial.
2) Kibarkanlah Sang Merah Putih di Irian Barat Tanah Air Indonesia.
3) Bersiaplah untuk mobilisasi umum mempertahankan kemerdekaan dan kesatuan Tanah Air dan Bangsa.
Pada tanggal 2 Januari 1962, Presiden/Panglima Tertinggi ABRI/Panglima Besar Komando Tertinggi Pembebasan Irian Barat mengeluarkan Keputusan No. 1 tahun 1962 tentang Pembentukan Komando Mandala Pembebasan Irian Barat.
B. Tindak lanjut dari Trikora
1) Membentuk Provinsi Irian Barat gaya baru dengan ibukotanya di Kota Baru.
2) Membentuk Komando Mandala Pembebasan Irian Barat pada tanggal 13 Januari 1962 yang bermaskas di Makassar.
Untuk melaksanakan Komando Mandala Pembebasan Irian Barat, maka presiden menyusun Komando Mandala sebagai berikut:
1) Panglima Mandala dijabat oleh Mayor Jenderal Soeharto.
2) Wakil Panglima I dijabat oleh Kolonel Laut Subono.
3) Wakil Panglima II dijabat oleh Letkol Udara Leo Wattimena.
4) Kepala Staf Umum dipercayakan kepada Kolonel Achmad Tahir.
C. Operasi pembebasan Irian Barat
Sebelum terjadi penyusupan, pada tanggal 15 Januari 1962 terjadi peristiwa Laut Aru. Ketiga MTB yaitu MTB RI Macan Tutul, MTB RI Harimau, dan MTB RI Macan Kumbang diserang oleh Belanda dari laut dan udara ketika sedang mengadakan patroli di Laut Aru. Komodor Yos Sudarso segera mengambil alih komando MTB RI Macan Tutul dan memerintahkan kedua MTB lainnya mundur untuk menyelamatkan diri. Dalam pertempuran tersebut, akhirnya MTB RI Macan Tutul bersama Kapten Wiratno dan Komodor Yos Sudarso terbakar dan tenggelam.
Operasi-operasi yang direncanakan Komando Mandala di Irian Barat dibagi dalam tiga fase yaitu:
1) Fase Infiltrasi (penyusupan), sampai akhir tahun 1962 dengan memasukkan 10 kompi ke sasaran tertentu untuk menciptakan daerah bebas pendudukan Belanda dengan membawa serta masyarakat Irian Barat. Pada bulan Maret sampai Agustus 1962, dilakukan operasi infiltrasi (laut dan penerjunan) dan berhasil mendaratkan pasukan ABRI dan sukarelawati. Salah satu sukarelawati yang berhasil diterjunkan adalah Herlina. Karena jasanya, Herlina diberi hadiah pending emas, oleh Presiden Soekarno.
2) Fase Eksploitasi (menggali sumber kekuatan), awal tahun 1963 dengan mengadakan serangan terbuka terhadap induk militer lawan dan menduduki pos pertahanan musuh yang penting.
3) Fase Konsolidasi (penggalangan) awal tahun 1964 dengan menegakkan kekuasaan RI secara mutlak di seluruh Irian Barat.
Selanjutnya antara bulan Maret sampai Agustus 1962, Komando Mandala melakukan operasi-operasi pendaratan baik melalui laut maupun udara diantaranya: Operasi Benteng (di Fakfak dan Kaimana); Operasi Srigala (di Sorong, Kaimana, Terminabuan); Operasi Jatayu (di Sorong, Kaimana dan Merauke); Operasi Naga (di Merauke); Operasi Jayawijaya sebagai operasi penentu. Operasi Jayawijaya ini dilakukan oleh Angkatan Laut Mandala di bawah piminan Kol. Soedomo. Operasi yang terakhir dilaksanakan adalah Operasi Wisnumurti, operasi ini dilaksanakan saat penyerahan Irian Barat kepada RI tanggal 1 Mei 1963. Pada tanggal yang sama Komando Mandala juga secara resmi dibubarkan.
